南科園區有的遺址僅有一個文化層，有的遺址則包含有二個以上的文化層，其中含有大湖文化的遺址佔園區所有遺址的48％，其次為蔦松文化，佔有23％。讓南科園區成為研究大湖文化與蔦松文化的重鎮。
三、文化遺留的內涵
南科園區各文化之遺留重點簡略描述如下：
一、大坌坑文化（ 葉期）
有相當定居性的聚落，面積可達3~5公頃。除栽培稻米、小米等穀物外，也開始養狗，廣泛利用海洋資源。大量使用產於澎湖的橄欖石玄武岩來製成斧、鋤、錛、鑿等工具。使用木棺作為葬具，葬姿主要採頭向南之仰身直肢葬。墓葬中男女成年都見有拔牙。有出土的穿孔人牙及帶有箭鏃殘留的遺骸，當時已有馘首、爭鬥等武力行為。
二、牛稠子文化（牛稠子期）
生業遺留有稻米、小米和豆類等農作物。石器應是在當地製作或加工，器表多通體加磨且器身更趨細薄。在埋葬行為上，已開始使用大甕埋葬嬰兒遺骸，多採橫置、甕口朝南。成年的遺骸中見有拔牙的證據，而玉環取代了貝器成為主要的裝飾品。
三、大湖文化
在陶器方面，最明顯的特徵即是灰黑陶的比例逐漸增加。石器數量劇減，最具特色的石器的為以砂岩磨光的巴圖型匙形石斧。可能開始出現鳥頭狀器。仍然使用甕棺埋葬嬰兒，但改為豎置；墓穴深度極深，部份有棺木痕跡。葬式主要為俯身直肢葬，頭向多朝北。墓葬普遍在近頭部的墓穴上方，放置可能用來盛裝飲食的陶容器。
四、蔦松文化
可能反映出有大小兩種聚落型態。生態遺物數量大增，主要見有稻米、薏苡等。開始出現鐵製工具。甕棺已消失，但在道爺遺址中，常見以碎陶片舖陳於遺骸下方，此一葬俗在臺灣極為特殊。
五、西拉雅文化：
當時原住民透過交易取得各式的硬陶及瓷器作為器皿。鐵器的數量增多；並利用雕刻穿孔的鹿角及玻璃珠、環等作為飾品。
六、明清漢人文化
大都屬於清朝中晚期。這類遺址中常出土有糖漏等紅褐色厚胎硬陶，已進行甘蔗等經濟性作物之栽培。墓葬方面則利用三合土製作槨室，其內置放木棺，周圍則填塞白灰、碎貝等，道爺遺址另見有一大型磚砌墓塋。
南科園區考古遺址之出土文物，數量非常龐大，目前統計約有22萬餘件，史前陶的數量居文物的最大宗，現分別由中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館進行整理、分析、研究、典藏等工作。
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出土文化遺物統計。
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被指定為縣定遺址，未來依照管理維護計畫，縣政府將設置保護標誌，其內容包括名稱、種類、簡介、範圍圖示、禁止事項、罰則、設置單位及設置日期。為避免自然或人為破壞遺址，對經指定之遺址，目前由財團法人樹谷文化基金會定期巡查，而本館受縣政府指定為台南縣內考古文物保管機關，於未來南科分館正式營運時，亦將進行相關南科園區考古文物的展示與教育。